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居住用財産の3,000万円の特別控除のＱ＆Ａを作成してみました。

単身赴任で、本人は社宅に、家族は自宅に住んでいる場合、自宅の売却益に特別控除は使えるか？

使えます。単身赴任の場合には本人が自宅に住んでいなくてもＯＫです。
ただし、社宅（賃貸）ではなく、単身赴任先で住宅を所有し住んでいる場合には、主に住んでいる方が特別控除の対象になります。

自宅を建て替えるため、所有するマンションに引っ越して長期間住んでいた場合、マンションの売却益に特別控除は使えるか？

使えません。建て替え中に住む住宅は生活の本拠ではなく、長期間（１年以上）住んでいても特別控除は使えません。
同様の理由で、趣味、娯楽、保養目的の別荘などに住んでいても特別控除は使えません。

同一生計ではない兄に自宅マンションを売却した場合、マンションの売却益に特別控除は使えるか？

使えます。兄弟姉妹については、売却前も売却後も同一生計でなければ（一緒に住んでいなければ）ＯＫです。
なお、配偶者、親、子、孫などに売却した場合には、同一生計でなくても（一緒に住んでいなくても）特別控除は使えません。

自宅兼店舗を売却した場合、特別控除は使えるか？

使える場合と使えない場合があります。
家屋と敷地のおおよそ90％以上の部分が自宅（居住用）の場合、家屋と敷地の全体に特別控除が使えます。
そうでない場合、自宅（居住用）部分には特別控除を使えますが、店舗（事業用）部分には使えません。

ちょっと判断が難しそうケースで作成してみましたが、どうでしょうか。
3,000万円の特別控除は金額的にも大きいので、控除を受ける年分の確定申告を忘れないように注意しましょう。